Tienes buena parte de razón, pero hay que separar dos cosas que se suelen mezclar:
1. Para repartir (la partición civil), el Tribunal Supremo viene diciendo que los bienes se valoran al tiempo de la partición, no al del fallecimiento (por ejemplo, la STS 954/2005, de 14 de diciembre). La idea es que los lotes sean iguales en valor real cuando se adjudican: si una vivienda ha subido más que otra desde 2021, repartir con valores de 2021 puede descompensar los lotes.
2. Para el Impuesto de Sucesiones, en cambio, manda la fecha del fallecimiento: se tributa por el valor de 2021 (el valor de referencia del Catastro de ese año, si existía, como mínimo). Que el juicio se alargue no cambia eso.
Es posible que el contador haya usado el valor de referencia porque es el dato fiscal que tenía a mano, pero el valor de referencia no es un valor de mercado; para repartir lo correcto suele ser una tasación actual.
Lo práctico: en la división judicial de herencia, cuando el juzgado da traslado del cuaderno particional, las partes tienen 10 días para oponerse (art. 787 LEC). Si aún no os lo han notificado, ese es el momento de impugnar la valoración, idealmente con una tasación. Pide a tu abogado que confirme si ya se dio traslado (si pasó el plazo sin oponeros, se aprueba) y que presente un escrito pidiendo que se impulse el procedimiento, porque un año sin movimiento es mucho.