Hola,
Efectivamente, las sociedades no pueden acogerse al Régimen Especial. Por tanto, si tú eres el comprador (parece que sí), la adquisición del ganado a la sociedad conllevará el hecho de que al precio pactado se le deba sumar IVA y descontar las retenciones que proceda.
Ejemplo, para que me entiendas mejor: se adquieren 10 unidades de ganado a 50€ cada uno. Por tanto, el total de la operación será de 500€, a lo que habrá que sumar IVA (105€ si se aplica el IVA del 21%) y restar la retención (supongamos un 2%, lo que supone 10€). Por tanto, tú deberás abonar 595€ a tu proovedor.
Ese IVA que tienes que pagar, debido a que tú te encuentras en el REGAP, debes soportarle pero no puedes deducirle, ya que no estás obligado a presentar las declaraciones de IVA.
La compensación aquí no entra en juego excepto que tú seas el vendedor de esos animales. Toda mi respuesta se basa en que eres el comprador, si eres el vendedor no dudes en indicarlo para explicarte entonces que sucede en esa situación, que es la contrario.
Un saludo,