Dudas varias sobre compra de vivienda habitual

Hola a todos y gracias por leerme. 
Tengo la suerte de estar en puertas, nunca mejor dicho, de comprarme un piso para vivir en él y se me plantean varias dudas.
Soy de una pequeña población dónde hace 16 años me compré un piso de protección oficial. Esa es mi vivienda habitual oficial pero por trabajo vivo en la provincia de Madrid, de alquiler.
Ahora, que me voy a comprar un piso en la provincia de Madrid para vivir en él se me plantea la duda de como hago para que conste que este nuevo piso va a ser mi vivienda habitual. A lo tonto ya llevo unos añitos empadronado en la provincia de Madrid por tema médicos y demás. Además, no sé qué consecuencias tendría eso con respecto al piso de protección oficial de mi pueblo.
De paso pregunto también, ¿cuál es la mejor forma de pagar el piso? Porque un cheque tiene unas comisiones de unos 200 €.
Gracias.

Lo único que hay que hacer es comentarlo en la escritura de compra, y luego, mudarte y empadronarte allí. En la declaración de la renta la pondrás como tu vivienda habitual.
Los problemas de la vivienda de protección oficial del pueblo ya los estás iniciando desde que dejas de vivir allí, ya que supongo que para gozar de sus beneficios, debías vivir allí un número de años. Lo que pasa es que ahora hay mas posibilidades de que descubran que no lo haces que cuando estabas de alquiler.

Respecto a lo del pago, lo del cheque conformado es lo mas común, no por nada sino porque el vendedor se asegura de que hay dinero en esa cuenta y de que no es un cheque sin fondos, le da mas garantías. Nada impide hacerlo por ejemplo con transferencias, pero, como éstas se hacen antes o después de la escritura, tiene que haber confianza entre las partes ya que el vendedor firmará sin tener asegurado el dinero, o al revés, el comprador tendrá que haber hecho  la transferencia antes de firmar.
Lo normal es pagar las arras con transferencia, y el resto con cheque conformado.

Gracias Leopol72.
Entonces lo que me recomiendas es que aparezca reflejado en la escritura el uso como vivienda habitual del piso que voy a comprar, empadronarme inmediatamente usando esa misma escritura y, después, tendría casi un mes para pagar el ITP beneficiándome del descuento por vivienda habitual, ¿no?
Lo del cheque conformado suena bien en cuanto a seguridad pero aplican unas comisiones brutales. ¿No hay nada más razonable?
Gracias

Personalmente nunca aceptaría un cheque conformado como pago, exigiría un cheque bancario. 

Un cheque conformado es también un cheque bancario, de hecho, está emitido por el banco o se le ha pasado y le han dado el "conforme"

Es verdad que quizás el bancario estricto es un poco mejor, pero no le veo mayor problema al conformado, siempre lo he hecho con ellos

Tendrás el beneficio de ITP de vivienda habitual siempre que en tu CA no se exija que sea la primera, cosa que es lo normal. En CLM por ejemplo, para que se apliquen los beneficios, no puedes haber tenido en propiedad otra, como es tu caso 

El respaldo del cheque bancario es el propio banco y no tiene caducidad. El respaldo del conformado es el comprador en este caso y tiene una caducidad de 15 días. Aunque la cantidad esté bloqueada por el banco, en el caso de quiebra, embargo u otra visicitud la suma pasaría a integrarse en la deuda global dado que el dinero sigue perteneciendo legalmente al comprador y lo único que ha contraído es una deuda con el vendedor. 
Te podría contar un famoso caso de una cadena de restaurantes en Madrid que quebró debido a un talón conformado como pago de más de cien plazas de garaje que nunca pudo cobrar. 

Supongo que entonces costará incluso mas que uno conformado...