Ganancia patrimonial pacto de mejora - IRPF

Hola, os hago un resumen a ver si alguien me puede ayudar pq entre dos o tres gestores cada uno me dice una cosa y sinceramente manual en mano no lo acabo de entender.
Mis padres compran un inmueble en los años 90 por valor de 5000 euros. En 2019 por pacto de mejora se establece para mi la nuda propiedad reservándose ellos el usufructo vitalicio. Poco después vendemos ese piso por 80.000 euros. Por indicación del notario casi 50.000 euros me corresponden a mi y el resto a mis padres por tener dicho usufructo su valor....bien, el problema es a la hora de realizar la declaración de la renta. El gestor me dice q en el caso de mi ganancia patrimonial si se toma el valor del pacto, o sea, 80.000 euros, por lo q ni tan siquiera me sale a pagar nada...pero q en la de mis padres se toma el valor de los años 90 por lo q lo compraron, 5.000 euros por lo que a ellos le salen a pagar casi 7000 euros en renta...esto es así?es decir para mi ganancia patrimonial se tiene en cuenta el valor del pacto de mejora y para la suya el de adquisición? No sé si me explico.agradezco vuestra ayuda 

El más joven de los dos tiene 52 años? Me parece muy alto el valor del notario. 

Yo tenía en ese momento 34 y ellos 69 y 72 respectivamente. La Parte q nos correspondía cobrar de los 80.000 de la venta a cada uno por lo visto está bien, casi 50.000 euros yo casi 30.000 entre mi padre y mi madre. El problema son las ganancias patrimoniales de ellos y mía.

Me parece muy alta la valoración del notario y muy perjudicial para tus padres. La valoración utilizada en el cálculo del ISD era perfectamente aceptable. Entiendo que las dos operaciones se realizaron con una valoración de 80k. 
89-69=20; 
20%80.000= 16.000 con lo que tu parte habría sido 64.000. 
El cálculo del coste de su usufructo entiendo que habría que calcular igual sobre el precio de adquisición:
20%5.000 = 1.000. Tendrás que aplicar también una amortización del coste que obvio por los 3 años pasados. 
Ganancia patrimonial de ellos 15.000 sin considerar gastos. Unos 3.000 euros de IRPF números gordos.  
Salvo mejor opinión. 

He estado mirando qué es eso del pacto de mejora, porque no lo conocía, y he encontrado esto en el artículo 36 de la Ley de Renta: "(...) en las adquisiciones lucrativas por causa de muerte derivadas de contratos o pactos sucesorios con efectos de presente, el beneficiario de los mismos que transmitiera, antes del transcurso de cinco años desde la celebración del pacto sucesorio (...) los bienes adquiridos, se subrogará en la posición de éste, respecto al valor y fecha de adquisición de aquellos (...)".
No me queda muy claro, al no conocer la figura, pero tiene pinta de que tú también tienes que considerar, para calcular tu ganancia, la fecha y valor de adquisición de los 90, y no lo de 2019. 
Coméntalo a tu gestor. Y, por favor, luego me cuentas lo que te diga, para aprender un poco.
En cuanto a la ganancia de tus padres, de hecho creo que puede ser superior a lo que pones, porque ellos sólo han transmitido el usufructo y, por tanto, el valor de adquisición se refiere al de ese usufructo, no a los 5.000 euros totales que pagaron al comprar el inmueble. Y, como dice Rucko, falta también restar la depreciación del usufructo desde que se desmembró el dominio.

Si. En cuanto vaya teniendo noticias os voy diciendo. Ese articulo lo vi pero me ha liado bastante pq en este caso no es por causa de muerte. Ha sido ducho vulgarmente como un adelanto de herencia en vida