Anticipo por parte de empresa. declaracion IRPF

Buenas, ante mi sorpresa, y por vez primera, un anticipo de dos nominas que me concede mi empresa(administracion publica) sin intereses, tributa IRPF.
Vale, un fastidio, pero me parece que la forma en que hacen el calculo no es correcto:
me adelantan 5438.54€ a pagar en 24 mensualidades, a descontar en nomina (sin intereses)
Pues en el certificado de retenciones figura "valoracion en especie" :326.31€, ingreso a cuenta (retencion):75.41€
O sea, que parece que aplican el tipo legal del dinero (3%).De golpe (2 años). Y no tienen en cuenta que cada mes me van quitando 5438.54/24. Es como si durante dos años me hubiesen dado 5438€, lo cual no es cierto porque voy devolviendo.Y a los 12 meses, debo la mitad. Y no debo estar pagando intreres por un dinero que ya he devuelto, digo yo, porque asi estoy pagando por un dinero que ya tiene la empresa (admon).
si yo hubiese a un banco, el interes se calcula sobre lo que voy debiendo, no sobre el importe inicial.
¿este metodo de calculo es el que ha establecido Hacienda? ¿donde esta eso explicitado?
Me han pasado un documento en el que habla de ejercicios anuales. Aunque tampoco veo que eso sea el metodo que aplicaria un banco, pero por lo menos, al ejercicio siguiente solo pagaria por lo que tengo prestado, o sea la mitad.
Muchas gracias y un saludo!!!!

efectivamente no parece que los cálculos estén bien hechos. Deberían calcular mensualmente cuántos intereses te han "perdonado": 3%/12 sobre el capital pendiente de devolver, una vez que van descontando lo que te restan de la nómina en concepto de devolución. Seguro que hay fórmulas en Excel para calcularlo rápidamente, por ejemplo, y desconozco si los programas de elaboración de nóminas incluyen el caso.
Si dices que ya anteriormente habías pedido anticipos y no te habían incluido estos rendimientos en especie, será que por alguna auditoría o alguien con conocimientos se ha dado cuenta de que lo estaban haciendo mal, porque este pago en especie por préstamos a tipos inferiores al legal del dinero está incluido en el IRPF desde hace décadas , y lo han  implementado de aquella manera.