Problema cargo declaración de la renta con rectificativa de por medio

Cliente al que en la declaración original le sale a pagar y se fracciona en dos veces. Unos días después se hizo una rectificativa porque me aportó una documentación para exonerar unas cantidades fruto de un despido, ya que salía menos a pagar y por tanto no cabía complementaria (sino rectificativa). Tanto la original como la rectificativa se presentaron en abril. 

Entiendo que no la han tenido en cuenta en tanto que le han cargado el primer fraccionado de la declaración original, con el consiguiente cabreo del cliente y apuntando, como suele pasar, la culpa hacia mí. 

No se bien como proceder en este caso, pues la rectificativa está realizada y se presentó la documentación adicional explicando los motivos del cambio junto con la documentación del despido. 

Entiendo que procede una reclamación de ingresos indebidos. Si es así, podría presentarla en este momento? Qué ocurre con el segundo pago del 5 de noviembre? La rectificación era de -1.900 euros aprox. y en el primer pago le han cobrado 1.500, no se si tendría que pedir la devolución de la diferencia y dejar el segundo cargo como está. 

Doy gracias por adelantado por si alguien me puede orientar. Me ha trastocado este asunto hoy, que llevaba el día justo con tantas tareas pendientes y encima el cliente me llamará a la tarde seguro para preguntar si ya lo he solucionado. 

Saludos.