Presentar declaración del año 2017

Hola buenas tardes, a ver si podeis ayudarme. Mi hermano es militar, ha participado en dos ocasiones en operaciones humanitarias y hace poco se ha enterado que está exento de declarar la parte de los ingresos obtenidos durante los día que estuvo de misión, prorrateando los días y los rendimientos. La cuestión es que esto se realiza solicitando una rectificacion de la declaración presentada. Lo ha hecho así para el año 2018, pero para el año 2017 que también estuvo de mision no la presentó.
La duda que tenemos es si puede presentarla o no, porque los rendimientos íntegros fueron 22.352,79 € , las retenciones 2.939,38 € y los gastos de S.S. 1.117,77 €, es decir debía de haberla presentado, inicialmente pero no lo hizo.
Yo se la he hecho y de los 22.352,79 estarían exentos 7.103,90€ , (estuvo 116 días de misión) por lo que la declaración le saldría a devolver 1.721,95 € y no se si presentarla normalmente y luego presentar rectificación o presentarla con la rectificación hecha y con escrito poniendo los motivos de la reduccion, le han dado el certificado de los días que estuvo de misión.
¿Qué opinais? Se que pueden imponerle una sanción por estar fuera de plazo pero no estoy segura de si debe presentarla.