Duda estado IRPF

Lo que vd. ha presentado son autoliquidaciones: vd. ha aplicado los datos que considera correctos, lo que ha dado lugar a un resultado (en su caso, a ingresar). En base a ese resultado, vd. ha ingresado las cantidades que ha considerado apropiadas. 
Es decir: los pagos de sus dos autoliquidaciones los ha hecho vd., domiciliando los mismos por orden suya.
La AEAT no ha comprobado todavía si sus autoliquidaciones son, o no, correctas.
Si, actualmente, en la web se indica que están "en comprobación", significa que hay algo que no le cuadra al programa informático y las ha dejado a la espera de que un funcionario las revise. Ese "descuadre" puede ser, simplemente, el hecho de que haya 2 autoliquidaciones (la original y la complementaria), por lo que no significa necesariamente que haya algo mal hecho.
La comprobación puede hacerse en los próximos 4 años, o no hacerse.
Lo habitual es que, las declaraciones con resultado a ingresar que están pendientes de comprobación, se revisen a partir de enero.
Si, entonces, las suyas son de las autoliquidaciones que se comprueban, o el estado de las mismas pasará a "finalizada", si están correctas, o le iniciarán un procedimiento de gestión tributaria si no lo están.

Gracias por la respuesta, considera que es correcto presentar la complementaria tal como hice? Era por cobrar en enero 2020 una cantidad correspondiente a la paga extra de diciembre 2019, no sabía si hacer una nueva declaración incluyendo la cantidad no declarada o hacer la complementaria, me dijeron que esto era lo correcto. Quizás por eso la están comprobando 
Muy amable por su respuesta 

Su forma de proceder fue la correcta: si vd. tiene constancia de ingresos devengados en 2019, aunque no consten en sus datos fiscales porque se los abonaran con retraso, lo correcto es incluirlos en el ejercicio correspondiente y, si no lo hizo en un primer momento, es con una complementaria como se regulariza.

Bueno, me tranquiliza la respuesta, ha sido vd muy amable , estoy bastante pez en temas fiscales, un saludo