Vivienda habitual - Declaración de la Renta

buenas noches tengo una consulta,
tengo el 50 por ciento de una vivienda que  hasta este año he declarado como vivienda habitual, que compre en 2006 con mi expareja, el año pasado compre otra vivienda  al 100 por cien en la que aplicaron el 6 por ciento como vivienda habitual en vez de el 9 por ciento, mi pregunta es, puedo deducirme la primera vivienda puesto que al adquirirla antes del 2013 me sale mejor con la deducción de la compra, o estoy obligado a  poner la segunda, y si pongo la primera, que podría pasar

Tu vivienda habitual debería ser tu domicilio fiscal.
La primera, si eres titular al 50% solo podrás deducirte el 50% ya que el otro 50 le corresponde a tu ex-pareja.
La nueva vivienda tendrás que reflejarla como una ganancia patrimonial.

Cuando hablas de ex pareja, ¿Te refieres a ex cónyuge o nunca estuvisteis casados? ¿Tú seguiste viviendo en esa casa cuando os separasteis? ¿Dónde vives ahora, en la nueva?
La deducción que aplicas es por adquisición de VIVIENDA HABITUAL. Si no vives ahí, no puedes aplicarla, excepto si sigues pagando la hipoteca porque te lo exige el convenio regulador aprobado por resolución judicial de separación o divorcio. Es decir: si estuviste legalmente casado; si no, no.
Esta deducción no puede aplicarse a conveniencia, sino únicamente si cumples los requisitos.
Por tanto: si vives en la casa nueva y no hay sentencia de separación o divorcio que te obligue a seguir pagando las cuotas hipotecarias de la antigua, no puedes aplicar la deducción.
¿Qué puede pasar si lo haces? Es una deducción de las más revisadas por los gestores de Renta de la AEAT; hay muchas posibilidades de que, algún día, revisen la tuya y, si la estás aplicando indebidamente, además de tener que pagar lo que te correspondía y no lo hiciste, en los 4 ejercicios que no estén prescritos, te pondrán sanciones.

Gracias de antemano por la ayuda, respecto a las cuestiones planteadas
Nunca llegue a casarme,  pero sigo pagando la hipoteca de esa vivienda al 50 %
Actualmente vivo en la nueva vivienda. 

Pues entonces, tal como te dije, no tienes derecho a aplicar la deducción por adquisición de vivienda habitual.