En Comunidades como Andalucía se remiten al concepto de vivienda habitual del IRPF (que la vivienda se ocupe antes de los 12 meses desde la adquisición y residas en ella continuadamente al menos 3 años).
lo que tienes que presentar es una solicitud de rectificación del impuesto de transmisiones patrimoniales onerosas ante la Comunidad Autónoma. Puedes hacerlo con un escrito tipo EXPONE... SOLICITA donde explicas que tributaste por la vivienda al tipo normal y que te corresponde el de vivienda habitual, solicitas que la administración rectifique la autoliquidación y aportas las pruebas que demuestren que ha pasado a ser tu vivienda habitual.
Yo entiendo que tienes posibilidades de que te den la razón, pues en el caso contrario (cuando se pagan impuestos como si fuese a ser vivienda habitual, y luego no se cumplen las condiciones), la Comunidad Autónoma te puede exigir el pago de los impuestos extra :
https://www.iberley.es/resoluciones/resolucion-teac-5710-2016-14-09-2017-beneficios-fiscales-regularizacion-situacion-tributaria-inaplicabilidad-sobrevenida-beneficio-fiscal-1471714
y la solicitud de rectificación de un impuesto viene recogido en la Ley General Tributaria