Deducción por Construcción. Facturas posteriores Fin de Obra.

Me he construido una vivienda. El certificado final de obra es del 11/10/2007. Como he cambiado de vivienda habitual y vendido la anterior para construir esta nueva, la Agencia Tributaria me ha pedido justificación de todo. Después de entregarle más de 400 folios y cerca de 150 facturas, resulta que ahora me dice que no considera como reinversión las facturas que tienen fecha posterior a la del certificado final de Obra. Entre esas facturas, la mayoría tienen una fecha posterior en menos de 60 días y todas salvo una tienen fecha del año 2007. Solamente una tiene fecha de Febrero de 2008 y es por un importe insignificante (2.800€). Algunas de las facturas que no me quiere admitir la Agencia Tributaria por se de fecha posterior al certificado final de obra, se puede comprobar que han sido realizadas antes porque los elementos facturados se encuentran en las fotos que el arquitecto adjunta al certificado final de obra. Por ejemplo las puertas de entrada a la finca, el cierre de la finca, la balaustrada de las escaleras, etc. Desde luego todas las obras fueron realizadas antes del certificado final de obra. Como es posible esto?. Hay alguna base legal para que Hacienda no considere estas facturas?.