A mí me sucedió lo mismo hace unos años. Tuve que devolver, como tú, parte de lo cobrado (neto) con lo que las retenciones que se me habían practicado estaban ya en manos de Hacienda.
Le insté al director de mi sucursal a que me redactara una carta en que constara el dinero que había devuelto al banco por este motivo y la correspondiente cantidad, en concepto de retención practicada, que había pagado, para que se me dedujera en el IRPF.
Cuando le pregunté cómo se iba a reflejar este abono en los datos fiscales que comunicasen a Hacienda en su momento, me dijo que no se modificarían y que, si tenía algún problema, que fuera de nuevo y me daría una carta. Por eso le insté a que me la hiciera en el momento.
Ese año fuí a una delegación de Hacienda a que me hicieran la declaración del IRPF. A la persona que me la hizo le comenté que los datos fiscales que tenían de mi depósito no eran reales por la cancelación anticipada que hice y la penalización correspondiente. Al querer mostrarle la carta del director del banco ni la miró. Sólo me dijo que le diera las cantidades a descontar de los datos fiscales y las retenciones ya cobradas. Como vió que yo ya llevaba hecho el cálculo real de todos mis rendimientos de capital, me dijo que le diera el total y fué lo que puso.
En mi caso, devolví los intereses netos que me habían ingresado en cuenta, por lo que deduje la cantidad de los rendimientos dinerarios y no tuve que alterar la cifra de las retenciones.
