El registro te protege contra posibles fraudes o reclamaciones de terceros, en caso de que otras personas afirmen ser las propietarias de la vivienda (casos como que un timador haya vendido el mismo piso a tres personas diferentes, por ejemplo). Además puede pasar que si está registrado a nombre del propietario anterior a la SAREB y a dicha persona le embargan, actúen contra el piso.
A mí me pasó algo parecido, puesto que cuando compré mi vivienda el propietario acababa de morir y me la vendían sus herederos, que aún no habían completado los papeleos de la herencia. Yo tuve que esperar a que ellos acabasen los trámites y registrasen, y seguidamente registré yo. Por suerte eran gente de fiar (realmente el fallecido era el constructor de las viviendas) y la cosa salió bien sin mayores problemas, pero reconozco que no me quedé tranquilo hasta que registré, y esos meses que transcurrieron entra la compra y el registro me comí bastante el tarro..
En resumen, depende mucho de la situación, pero antes que nada yo me enteraría con todos los detalles de cuál es ese "defecto en un papel" y si tiene solución; si se trata simplemente de esperar unos meses para poder registrar, asumes un pequeño riesgo pero puede merecer la pena. Si es algo gordo y realmente no vas a poder registrar, yo cancelaría la compra.