Cuando haces calculos por las web de los bancos, suelen ser mayores porque hacen una provision de fondos y con lo que sobra te lo devuelven.
Notaria, gestoria y registro, son los importes "de menor valor" con lo cual fiate mas o menos de la simulación que te salga. Pero para salir de dudas en la diferencia calcula a "mano" el importe del ITP (Impuesto de Transmisiones Patrimoniales si es una vivienda de segunda mano) o IVA (si es una vivienda nueva) y por otro lado calcula de tu comunidad autonoma cuanto porcentaje sobre el valor del piso es el IAJD (Impuesto de Actos Jurídicos Documentados).
Con esos datos saldrás de dudas.