Creo que, al realizar una subrogación, las condiciones generales del préstamo (plazo, por ejemplo) no se pueden cambiar. Sí el tipo de interés.
Sí podrías amortizar esos 18000 euros una vez que hayas hecho la subrogación y reducir el plazo en algún tiempo (con ese dinero, puede ser bastante tiempo de diferencia).
En cuanto a lo de amortizar los 18000 euros antes o después de hacer la subrogación: personalmente, y sin haberlo pensado detenidamente, lo haría antes. Pero primero me informaría de las consecuencias de cada acción: diferencia en la cuota de la nueva hipoteca pidiendo ese dinero o no, las deducciones fiscales por vivienda habitual, gastos de la operación (comisiones, registro,...).
En principio, parece que es más interesante pedir de hipoteca la cantidad más baja posible, pero todo es relativo.
¿Te has informado de si te interesaría hacer una novación, en lugar de una subrogación? Con la novación sí se pueden cambiar casi todas las condiciones del préstamo, y lo mismo en tu banco estarían dispuestos a hacerla. De ese modo, podrías reducir el plazo todo el tiempo que te viniera bien (y, mientras más corto es el plazo, menos intereses vas a pagar).
