Hola,
Si a lo que te refieres es a una baja médica, durante los 3 primeros días no se percibe el sueldo equivalente a dicho periodo. Por lo que no recibirás dicho plus, ni el resto de conceptos salariales.
Si el “reposo prescrito” no tuvo tal magnitud (baja), ciñéndonos únicamente a la parte del convenio que adjuntas, efectivamente, deberían descontarte las cuantías que allí se reflejan del plus mensual porque has cometido faltas de asistencia (aunque sean justificadas). Sin perjuicio de que en otra parte del mismo haya excepciones según el tipo de falta.
Un saludo,