Cuando tu pareja confeccionó su declaración, al final del RentaWeb le aparecieron dos posibilidades: una, individual y, otra, conjunta; si había rellenado correctamente los datos personales del hijo, no debería existir demasiada diferencia entre los resultados de una y otra, porque, la reducción por tributación conjunta, no debería estar en ninguna de las dos. En consecuencia, la única diferencia entre los resultados de la declaración individual y de la conjunta debería estar en alguna deducción autonómica, pues es posible que no tuviera, por el límite de ingresos, derecho a la misma en tributación individual, pero sí en tributación conjunta.
Si sí había una diferencia sustancial (de 500,00 euros para arriba), lo fácil es que haya rellenado mal la situación familiar y haya aplicado la reducción, que es una cantidad de 2.150,00 euros que debería aparecer, en su renta presentada, con ese concepto "reducción por tributación conjunta", después de las casillas de base imponible y antes de las de los mínimos familiares (no sé las casillas exactas, mirando por internet parece que es la 461, pero revísalo, porque, cada año, cambia).
Si ha aplicado esa reducción, su declaración está mal, y es posible que por eso esté parada la tuya; su declaración, como es a pagar, aún no se ha revisado, pero lo harán a partir de enero; por eso te aconsejaba que hiciera una complementaria antes, para evitar sanciones.
Esa reducción está para los casos de viudos y de divorciados, no es aplicable si los padres conviven (último párrafo del artículo 84.2.4° de la Ley 35/2006, de 28 de noviembre, del IRPF).
Así, si la ha aplicado, tu pareja está diciendo que no convive contigo, y tú, sin embargo, en tu renta has puesto que sí convives con ella y con tu hijo, por lo que hay una discrepancia entre lo que decís ambos y puede que, por eso, esté parada tu renta.