Dudas sobre invertir en bolsa a través de una empresa española

Creo una sociedad en España. Aporto 1 000 000 euros de capital social. Mando ese dinero a un bróker y lo invierto todo en diferentes fondos y acciones que no distribuyen dividendos, sino que reinvierten el capital. Producen un 9% anual. A parte, en ese mismo bróker, también pido prestados 250 000 euros por los que pago un interés anual del 4%. Invierto ese dinero prestado en los mismos productos. 

Cada año, pago 10 000 euros de intereses y vendo una cantidad suficientes de acciones para que los beneficios sean 0. Por ejemplo, en el primer año, puesto que mis inversiones han subido 9% de valor,  podría vender 121 111.11 euros de acciones (una subida del 9% supone que las compré por 111 111.11 euros y, por lo tanto, que materializo una plusvalía de 10 000) y acabar con un beneficio de 0. Después tendría 121 111.11 que sacar de la empresa y enviarme. 

Según pasen los años, puesto que las plusvalías se van acumulando, podría vender un número decreciente de acciones sin entrar en beneficios. Pero, al tener más capital, podría pedir más dinero prestado, por lo que pagaría más intereses y podría cada año vender más acciones sin tener beneficios.

Dudas:
1. ¿Es correcto calcular los beneficios de la empresa teniendo en cuenta sólo cuando materializo plusvalías, como es el caso si eres un inversor individual, o tengo que valorar a final de año la cartera y pagar por las plusvalías latentes también?
2. ¿Puedo descontarme intereses como gasto?
3. ¿Puedo sacar ese dinero de la empresa sin pagar impuestos o se trata de un dividendo a pesar de que la empresa no ha tenido beneficios? ¿Si sí tengo que pagar, serían exentos los primeros 1 000 000 euros que saque, al ser el capital inicial?

Estás describiendo una sociedad patrimonial de tenencia de valores.
Para pagar los intereses, supongo que o dejas una buena parte de tesorería disponible, o deberás ir materializando ventas.
Cuando dices "vendo una cantidad suficiente de acciones" ¿A quien te refieres? ¿ Tú vendes acciones a un tercero y disminuyes tu %? ¿La sociedad vende a un tercero mediante una AK? ¿La sociedad te recompra acciones y disminuye su capital social?
Aunque inicialmente la sociedad sea tuya 100 %, una mercantil y tu mismo sois 2 personas diferentes. El dinero de la sociedad no es tu dinero.
A veces hay razones válidas para operar mediante una sociedad patrimonial. Otras veces es solo una tontería cara.

Realmente de todo lo que estás planteando, lo único significativo y con contenido es:
"Quiero invertir de forma parcialmente apalancada, y que los intereses sean un gasto deducible"

Como muy bien sabes, eso en el IRPF no es posible. No se si las ganancias que puedas llegar a obtener operando mediante una patrimonial de tenencia de valores (sumando lo que suma, restando lo que resta), te compense adecuadamente esa posible deducibilidad de los intereses.

Con vender acciones me refiero a que esta empresa venda parte de las acciones de bolsa en que invierte. Y sí, el "truco" de todo esto es poder descontarme intereses, cosa que no puedo hacer como particular. De esa manera, la empresa vendería cada año lo suficiente para que el resultado del ejercicio siempre sea 0. 

Entiendo entonces que sí puedo descontarme los intereses que me cobra el bróker por pedir prestado. ¿Podrías ayudarme con mis otras dudas? ¿Es correcto que la empresa calcule beneficios anuales de esta manera, teniendo en cuenta ganancias materializadas, ignorando cúanto se ha apreciado el resto de la cartera de valores que sí mantiene? ¿Qué pasa fiscalmente cuando me envío dinero de esa empresa a mí?

Vale, eso está más claro.
Por supuesto que una sociedad patrimonial de tenencia de valores puede ir efectuando ventas de los activos, para sufragar los costes de operación.
Pero todo eso lo hace la persona jurídica entidad mercantil.
De todas esas operaciones, pagos de gastos operativos (intereses, comisiones, etc), e ingresos por ventas u otros resultados financieros (que pueden implicar ganancias patrimoniales, o pérdidas patrimoniales), se forma un resultado contable, y en el caso, se paga impuesto de sociedades.

Ya luego, que salga un dinero de la patrimonial hacia tu bolsillo, es otra operación.
Puede ser por pago de dividendos (exista o no beneficio), por reducción de capital y devolución de prima, por.... 
Hay diversas fórmulas, todas reguladas en la ley de sociedades de capital, y todas implican de alguna manera determinados formalismos y algún que otro coste fiscal.
En todo caso, esos ingresos personales deberán tributar en tu IRPF personal según su naturaleza.

Un detalle sobre las plusvalías latentes (que al parecer, constituye el fundamento de rentabilidad que buscas con la inversión).
Las plusvalías latentes no tributan en sede de la empresa. Solo forma parte de la base imponible del ISoc los beneficios reales, no los potenciales.
Pero.... Si pueden tributar en sede persona física socio, por IRPF, si se produce una reducción de capital con devolución de aportaciones.
En concreto, se entiende que cuando hay una devolución de aportaciones, y existe un incremento en los fondos propios de la entidad (beneficios latentes no materializados), realmente se está distribuyendo anticipadamente ese beneficio.
Así que la parte de devolución de aportaciones que corresponda con ese beneficio potencial (plusvalías latentes no materializadas), si lo recibe el socio, tributa como rendimiento.
Si la devolución es superior a ese incremento, el exceso no tributa, sino que reduce el valor de adquisición.

Ejemplo, según tu caso.
Tienes unas plusvalías latentes de 50.000.
Valor de fondos propios 1.000.000 + 50.000
Reduces capital y "te devuelves" 60.000 €
Los primeros 50.000, se entiende que es un cobro anticipado de beneficios, y tributa como rendimiento ordinario.
Los 10.000 restantes, se entiende que es una verdadera devolución.
Tu nuevo valor de adquisición sería 1.000.000 - 10.000 = 990.000

Cachilipox, muchas gracias por la respuesta detallada. Por lo que entiendo entonces las respuestas a mis preguntas serían:

1. Sí es correcto que la empresa sólo paga impuesto de sociedades por los beneficios materializados. Puede acumular plusvalías latentes sin pagar nada.

2. Sí puede descontarse la empresa intereses del préstamo que pide para invertir más. Por lo que, estructurándolo bien, sería potencialmente posible que la empresa vaya vendiendo parte de sus inversiones con plusvalías pero el resultado del ejercicio resulte 0 al descontar intereses, por lo que materializaría beneficios sin pagar impuesto de sociedades.

3. Si la empresa me envía dinero a mí, esto no supone que la empresa tenga que pagar impuesto de sociedades, pero yo sí tendría que pagar impuestos del ahorro (entre 19% y 26%) si lo que la empresa me está enviando es un "excedente" del capital inicial. 

Ahora aplico todo esto a mi ejemplo:

La empresa tiene tras un año 1 362 500 en bolsa (1 250 000 más 9%) y una deuda de 260 000 (250 000 más 4%). Tiene 10 000 de gastos por los intereses. Entonces, vende 121 111.11 de acciones (compradas a 111 111.11, las cuales han subido 9%), materializando 10 000 de beneficios. Una cosa cancela a la otra, por lo que el resultado del ejercicio es 0 y no hay impuesto de sociedades a pagar. 

La empresa pasa a tener 1 241 388.89 en bolsa, 121 111.11 en efectivo y una deuda de 260 000. Los activos netos han pasado de 1 000 000 iniciales a 1 102 500. 

Tras eso, la empresa me envía los 121 111.11 que tiene en efectivo tras haber vendido algunas acciones. Por lo que entiendo, puesto que los activos netos se han multiplicado por 1.1025, tendría que pagar impuestos del ahorro por 121111.11-121111.11/1.1025=11 259.76. El resto, 109 851.35, es dinero que recupero de mi inversión inicial, y mi valor de adquisición de mis participaciones restantes en la empresa sería de 1 000 000-109 851.35=890 148.65.

¿Lo he entendido bien? 

Ahora tengo que pensar si vale la pena todo este jaleo en lugar de invertir como particular, pero me gustaría primero tener claro cómo funcionaría usar una empresa para esto.

Todo correcto salvo la interpretación numérica del punto 3.

Para hacienda, los fondos propios se han incrementado en un 10,25 % (beneficio potencial no materializado).

Ahora, para hacienda, cualquier retorno, pago, reintegro, que no sea distribución de beneficios previamente tributados en ISoc (dividendos), hasta esa cantidad de incremento potencial, es una especie de no-dividendo anticipado.

O sea, como tu participación inicial eran 1.000.000, y ahora tienes un valor en libros de 1.102.500, hasta el importe de esa diferencia SÍ tributaria, y el exceso no, ya que solo disminuiría el valor de adquisición.

Te retornas 109.851,35 (el excedente de tesorería), y para hacienda es rendimiento del capital mobiliario los primeros 102.500, y disminución del valor de adquisición los 7.351,35 restantes.

Hace años no era así, primero se consideraba que se reducía el valor de adquisición, y solo el exceso comenzaba a tributar. Pero se cambió la norma, y ahora se entiende que lo primero que cobras por retorno de aportaciones es una materialización de las plusvalías latentes, y el exceso es lo que ya luego sigue restando valor de adquisición.

Eso sí, mediante esta operativa con patrimonial mobiliaria, has optimizado un poquito la tributación. Has podido deducir intereses para inversión, sin desarrollar actividad económica; recibes íntegra tu plusvalía latente, sin retención; y solo tributas IRPF rendimientos capital mobiliario por casi la totalidad, pero no por todo.

Ya veo. Funcionando así parece entonces menos eficiente que invertir como particular. Como particular, usando las mismas cifras, cuando vendo esos 121 111.11€ de acciones materializo una plusvalía de 10 000€ y ya está. Usando la empresa estaría pagando sobre 102 500€ en lugar de 10 000€.

Lo que buscas es no pagar irpf. Pues si tienes las pelotas de meter un kilo en una sociedad para invertir. Eso es ser muy valiente.
Con ese kilo compra 15 pisos alquilalos muy baratos. Te asocias y desde el reav creo que el impuesto de sociedades se rebonifica y reparte dividendo sin irpf. Pues asociado no tienes que cotizar. Quedan algunas formulas para pillar tajada limpia. Pero hay que entrar muy sucio. Osea asociarse con otra sociedad. Comprar tocho. Tener la paciencia de estar un largo tiempo en disciplina de no sacar dinero de la sociedad

Si se usa una empresa para invertir. Lo mas recomendable es mediante la asociacion de empresas. No hace falta llamarlo holding. Sencillamente sacar la biblia de las leyes del mercado y buscar formulas. Y si uno empieza a buscarlas. Para pillar tajada lo mas limpia posible. La ecuacion siempre lleva a asociarse con otros y tener mucha mucha paciencia