Será aprobada mi pensión con una deuda - Seguridad Social

Tengo una deuda de recibos de autónomo prescrita en el año 2003 y mi duda es si cuando llegue la fecha de mi jubilación parcial me descontaran el tiempo no pagado y así no llegando a tener el tiempo cotizado que exige el INSS para que sea aceptada.

creo que si por unas cuotas que no pagaste en su momento, no llegas al mínimo para tener derecho a pensión, tienen que invitarte a abonar dichas cuotas. Exigirtelas, si están prescritas, no , pero tampoco tenerlas en cuenta si no pagaste.
https://www.cudos-consultors.com/el-supremo-obliga-a-cumplir-los-anos-de-cotizacion-para-la-jubilacion-anticipada/
el beneficiario de la prestación esté igualmente obligado -para lucrar la prestación- a estar «al día» en el pago de las cuotas,«pues siendo el solicitante a la vez obligado al pago de las mismas, obviamente sufriría el Sistema si se dejase en su mano la tentadora posibilidad de desatender el pago de cotizaciones atrasadas -particularmente, las prescritas-, y es por ello por lo que tal requisito es condición indispensable para tener derecho a las prestaciones

Pero el Art 1935 del código civil permite renunciar a la prescripción ganada.

También quiero comentar que en mi vida laboral emitida por Seguridad Social y TGSS aparecen todas las fechas de estos periodos no pagados aparecen como computables . También en el listado de base de cotizaciones aparecen cotizados.

yo te he explicado lo que he interpretado de una sentencia del Tribunal Supremo; que si no pagaste las cuotas y está prescrito, no te pueden obligar a pagar, pero tampoco te lo computan, salvo que pagues ahora.
A partir de ahí, tendrás que ver qué te contestan cuando pidas la pensión, o consultarlo previamente con un abogado que entienda del tema.