IT autónomo se le exime del pago de cuotas

Un trabajador autónomo que lleva un año y medio en IT, por ello a los 60 se le exime del pago de la cuota de autónomos, ahora en los datos fiscales de Hacienda, pone que ha pagado todo el año. 
Entonces como ingresos de trabajo tiene lo que le ha pagado la mutua, nada de retención pero hacienda entiende unos gastos de seguridad social que verdaderamente no ha hecho.

MI duda es si lo elimino o lo dejo para hacer la declaración de la renta.

Gracias