No, Rentaweb no OBLIGA a aplicar nada, no tendría sentido.
Si ha indicado, como parece, pues dice que "el programa lo indica automáticamente", en los datos personales, la información sobre su hijo (apellidos, nombre, fecha de nacimiento, Comunidad Autónoma, sí forma parte de la unidad familiar, opción D), no tiene que aplicar las anualidades (si pone las dos cosas, efectivamente, estaría aplicando indebidamente la Ley), puede ir, seguidamente, a deducciones autonómicas y aplicar la de gastos educativos que corresponda (compruebe los requisitos de la de su Comunidad: en la mayoría, esos gastos deben prorratearse entre todos los progenitores con derecho al mínimo, pero hay alguna donde, el único que puede aplicarla, íntegra, es el que abona los gastos; y compruebe también qué tipo de gastos dan derecho y cuáles no). Una vez lo tenga todo aplicado, vaya al resumen y compruebe el resultado.
Después, vuelva a los datos personales, borre la totalidad de los datos de su hijo (todos), luego, a las deducciones autonómicas y quite lo declarado, y vaya a la página de las anualidades a favor de los descendientes (no lo confunda con pensiones compensatorias, que tributan de forma muy diferente) y aplique el importe correspondiente. Vaya al resumen y vea el resultado.
Así comprobará qué opción le resulta más conveniente. Pero EN NINGÚN CASO puede aplicar anualidades si también pone el mínimo por descendientes respecto al mismo niño.