La deducción por inversión en vivienda, es como su nombre indica una deducción y no tiene porque coincidir con el importe que te pueda salir como resultado de la Declaración.
El IRPF es una Liquidación (Declaración) de final del ejercicio, donde de acuerdo con las normas fiscales, estado familiar y rentas declaradas, se obtiene una Cuota Tributaria que es el importe que el contribuyente tiene que pagar a la Hacienda.
Existen entre estas normas tributarias, una serie de deducciones entre las que se encuentra la inversión en vivienda habitual y que minoran la Cuota Tributaria, así mismo existen unas Retenciones o Pagos a Cuenta que el Contribuyente viene realizando a lo largo del año que se declara y que son pagos anticipados, pagados a cuenta del resultado de la Cuota Tributaria.
Cuando la Cuota Tributaria es mayor que los pagos anticipados, el contribuyente tiene que completar el importe pendiente de pagar y se conoce como "positiva" o a pagar. Cuando la Cuota Tributaria es menor que los pagos anticipados, la Hacienda ha recibido mas importe que el que le corresponde tributar al contribuyente y le tiene que devolver el exceso pagado por adelantado.
Puede que te excedas en la amortización anticipada y no obtengas beneficio fiscal por llegar al limite de los 9.040 euros/año.
Saludos