1) el comprador tiene la obligación legal de ingresar la retención y el inmueble queda afecto al pago del impuesto por su totalidad como no haga el ingreso. Así que más le vale hacerlo
El vendedor, si no recibe la copia del impreso, y puede demostrar que realmente le ha retenido el dinero (esto es, que la transación se ha realizado de verdad), puede presentar la declaración incluyendo la retención. Hacienda tendrá que ir contra el obligado a retener y a ingresar, como ocurre por ejemplo con retenciones en alquileres de locales a empresas, nóminas de trabajadores,etc.
2)sin tenerlo clarísimo, te diría que la ley descarga en el comprador la responsabilidad de verificar que el comprador es residente fiscal, exigiéndole que presente un certificado emitido por la Agencia Tributaria de residencia fiscal.
Si el comprador no lo hace, lo suyo es que el vendedor retenga tanto el 3% para el IRNR como otra cantidad para la plusvalía municipal, cuando aplique, ya que el ayuntamiento y la agencia tributaria irán contra el comprado si el vendedor no residente no lo paga.
El notario puede advertir de la circunstancia, pero no es responsable del pago de los impuestos. Todo esto lo digo con precaución. Lo normal es que en la negociación de una compra-venta se perciba si el vendedor es extranjero, o estás tratando con un español que está en otro país, y entonces, si estás bien asesorado, tengas la precaución de solicitar dicho certificado.