A mí me lo hicieron así el año pasado.
1º se cobraron 500€ de la Declaración el 30 de junio, cuando cumplía el plazo.
2º la rectificación persentada el mismo día (15 de abril), media hora después, aún está como "Presentada", sin tramitar.
Eso de que miran 1º la rectificación no es así, a mí me dijeron en Hacienda que las rectificaciones van por otra vía