teóricamente, parece que tienes que esperar a que te lo reclamen:
http://www.boe.es/buscar/doc.php?id=BOE-A-2018-3232
" Por lo que atañe a los contribuyentes no obligados a declarar .....
cuando el importe de los pagos anticipados percibidos sea superior al de la deducción por maternidad, no es preciso que los contribuyentes no obligados a declarar procedan al suministro de información adicional a la realizada en la solicitud del abono anticipado de esta deducción y, en su caso, en la comunicación de variaciones que afecten a dicho abono anticipado, puesto que la Administración tributaria, al disponer de los antecedentes precisos y de los datos necesarios, procederá a efectuar de oficio la regularización que, en cada caso, proceda. "
El problema en tu caso puede venir si no comunicaste la situación de excedencia, pues te podrían exigir intereses y multa. Si lo comunicaste, deberían reclamarte solo la cantidad percibida.