Si las cantidades percibidas de las ayudas publicas se han destinado a la amortización del préstamo, entiendo que puedes aplicar la deducción que dices, los requisitos para poder aplicar la deducción son los que siguen:
"Además de los requisitos establecidos con carácter general en la normativa estatal que regula la deducción por inversión en vivienda habitual (69), para la aplicación de esta deducción autonómica deberán cumplirse también los siguientes:
l Que, durante el período impositivo, el contribuyente haya destinado efectivamente a la adquisición o rehabilitación de la vivienda habitual las cantidades procedentes de una subvención concedida a tal fin por la Generalitat Valenciana.
Las cantidades se entenderán efectivamente destinadas a adquisición o rehabilitación de la vivienda habitual de acuerdo con las reglas de imputación temporal de ingresos establecidas en la normativa estatal reguladora del IRPF (70). Cuando las ayudas se imputen en varios períodos impositivos, el importe de la deducción se prorrateará entre los ejercicios en que se produzca tal imputación. Por su parte, los conceptos de vivienda habitual y rehabilitación de la misma son los establecidos en la citada normativa."
Copiado del manual de renta 2011.
Saludos.