Declaración renta nuevo autonomo - Asesoría

Hola buenas tardes.

Expongo mi caso, en el año 2017 empecé mi andadura como autónomo y solicite las respectivas tarifas planas y ayudas de la comunidad. Pues bien, este año al hacer la declaración de la renta me sale a devolver casi 5000 euros... Mis preguntas son:

- Para que me conceden una ayuda de la comunidad valorada en 1600 euros si luego al año me lo quitan??

- Para que pido la tarifa plana durante el primer año pagando 50 euros al mes, si luego me lo van a cobrar de alguna forma en la declaración?..

Mi pregunta final es, el gestor que me hace la declaración está en lo cierto o hay algunos puntos, anexos que no ha mirado bien y al ser nuevo autónomo se los ha pasado y me la ha hecho como autónomo normal.

Tengo un trabajo como autónomo ( generó facturas mensuales entorno a 2.5000 euros) y otro por cuenta ajena (10.000 Brutos al año)

A ver si me pueden dar alguna contestación que me lo aclare. Gracias