Que te cobran en renta 4 por tener preferentes depositadas?

Y por obrar cupon?

http://www.r4.com/resources/pdf/hoja-comisiones.pdf

Ya pero no sé que producto es de los que marcan las hojas de precios de rankia 4

Por preferentes, bonos y obligaciones del SEND cobran:

Por custodia 4 € trimestrales por cada 10.000 nominales por el conjunto de la cartera y sin mímimo.
Por cobro de cupon un mínimo 1,21 € y si el cobro es de mas de 1.000 € brutos el 0,1% + IVA
Por compras y ventas el 0,25% sin IVA y sin mínimo
Por amortizaciones, conversiones y canjes el 0,1% también sin IVA.

en la Caixa me cobran 0.40€ por sacarlas

Yo sí tengo mínimo por custodia en el SEND, 4,5 euros trimestrales más IVA.

Pues si, las custodias de R4 tienen ese mínimo más el IVA por el total de la cartera, pero no por cada valor.

Con tener depositadas más de 3.000 € ese mínimo siempre será menos que el 0,35% semestral que cobra la Caixa o el 0,4% de Bankia.

Me extraña mucho que sólo cobren 40 centimos por traspasarlas a otra entidad (supongo que con sacarlas te refieres a eso).
El año pasado hice uno de 10.000€ y me cobraron 60,50€ (50+IVA que supongo que debe ser el mínimo)

A no ser que se trate de una cantidad superior casi sale más a cuenta venderlas y volverlas a comprar.