Cancelar doble garantia

Buenos días, referente a la garantía hipotecaria quisiera hacer una consulta. En mi caso tengo una hipoteca con doble garantía. Recientemente pregunté a mi banco si podía liberar la parte de garantía hipotecaria vinculada al piso de mi madre. Me dijeron que si disponía del dinero que quedaba pendiente por esa parte procederían a liberar la carga. Una vez tuve el dinero el banco realizó el movimiento con cargo a la hipoteca. Mi sorpresa fue cuando vi que ese cargo o amortización lo hicieron por la cuota, cuando no habíamos hablado de cuota o plazo. Le dije al banco que quería amortizar por plazo a lo que me dijeron que en este tipo de operaciones no podía escoger, sólo podía por cuota. ¿Esto es legal? Gracias