Hipoteca / Alquiler vivienda

Hola, tengo un amiguete que por desconocimiento del tema, el tiene una hipoteca de su vivienda habitual. Ahora, el año pasado junto con otras personal, alquiló una vivienda en su lugar de trabajo, por comodidad. Claro, ya le he comentado que no puede desgravarse el alquiler si tiene una hipoteca, es dos veces lo mismo. El problema que observo es que el está pagando el alquiler por transferencia bancaria. Supongo que esto puede ocasionarle problemas con hacienda? es correcto. Como puede evitar problemas mayores. En principio, creo que no debería declarar dicho alquiler, pero debería hacer alguna otra cosa para que hacienda no le pregunte como puede pagar alquiler y desgravar hipoteca. Espero entendáis mis dudas, estoy buscando la mejor forma de arreglar esta duplicidad y mas ahora que viene la declaración de renta. saludos.