Del tema laboral no te puedo ayudar, porque no lo controlo, aunque dependiendo de varios requisitos podría no ser necesaria la liquidación de la sociedad y bastaría con un cambio en el órgano de administración. Pero trato de aclararte las dudas a nivel fiscal que planteas.
Para sacar los inmuebles de la sociedad se puede hacer a través de distintos mecanismos (transmisión al socio, reducción de capital, dividendos en especie incluso con la adjudicación junto con el resto de haberes a repartir, si los hubiera, en el proceso de liquidación y extinción de la sociedad).
Con los datos que proporcionas y sin ver el balance de la sociedad es complicado sugerirte la mejor fórmula. Tu asesor te lo podrá estudiar mejor que nadie, pero para que te hagas una idea, intervendrían varios impuestos:
Impuesto sobre sociedades:
Tributan al tipo general (25%) los beneficios que pudiera obtener la sociedad. Para determinar los resultados de las enajenaciones de los inmuebles en caso de venta, se minora el valor neto contable al precio de mercado (o precio de venta si fuere superior).
IVA/ITPAJD:
Para el cálculo del impuesto indirecto en caso de transmisión previa -IVA o transmisiones patrimoniales- hay que analizar si la operación está sujeta a IVA o no.
Así, según el artículo 4 de la Ley 37/1992, del IVA, sobre el hecho imponible: “Uno. Estarán sujetas al impuesto las entregas de bienes y prestaciones de servicios realizadas en el ámbito espacial del impuesto por empresarios o profesionales a título oneroso, con carácter habitual u ocasional, en el desarrollo de su actividad empresarial o profesional, incluso si se efectúan en favor de los propios socios, asociados, miembros o partícipes de las entidades que las realicen”, y “Dos. Se entenderán realizadas en el desarrollo de una actividad empresarial o profesional: a) Las entregas de bienes y prestaciones de servicios efectuadas por las sociedades mercantiles, cuando tengan la condición de empresario o profesional (...)”.
Por todo ello, la operación estaría sujeta a IVA, pero por el artículo 20.Uno.22º, estarán exentas las segundas y ulteriores entregas de edificaciones, incluidos los terrenos en que se hallen enclavadas, cuando tengan lugar después de terminada su construcción o rehabilitación (...)”.
No cabría la posibilidad de renunciar a esta exención ya que entiendo que el adquirente (tu mujer) no es sujeto pasivo del impuesto.
En consecuencia, la operación quedaría gravada por TPO, cuyo tipo de gravamen varía en función de la Comunidad Autónoma. La base del cálculo, al existir vinculación entre las partes (socio-sociedad), sería el precio de mercado.
Plusvalías municipales:
Para el cálculo de las plusvalías, es preciso efectuar la solicitud en cada Ayuntamiento. Generalmente los ayuntamientos tienen simuladores en sus páginas web que con pocos datos te dan la cifra.
Operaciones societarias:
Si los inmuebles no se transmitiesen sino que se englobasen dentro del activo a repartir, la operación no estaría gravada por TPO sino por “operaciones societarias” (aplicable a disoluciones e incompatible con TPO).
Una vez conocidos los activos resultantes de la liquidación, se adjudicarían entre los socios. Esta operación quedaría gravada por la modalidad de operaciones societarias. El sujeto pasivo sería el beneficiario.
IRPF:
Respecto al IRPF, existiría una ganancia patrimonial por la diferencia la diferencia entre el valor de la cuota de liquidación (o valor de mercado de los bienes adjudicados) menos el valor de adquisición de los títulos (o valor de la participación). Y ello, iría a la escala de la base del ahorro: actualmente 19%-21%-23%.
Después gastos notariales y de registro seguro que habrá. Lo que no entiendo es tu afirmación sobre el 21% de retención...
En cualquier caso, esto es una valoración muy por encima sin conocer las particularidades del caso concreto. Como he dicho, vuestro asesor fiscal conocerá con más detalle la situación y os podrá hacer un estudio más afinado.