¿Se aplican impuestos en las comisiones, y el resto?

Hola gente, la empresa recibe un dinero pero que solo parte de él es comisión y el resto es enviado a otras personas (servicios de terceros), la empresa seria intermediaria en este caso. Entonces mi pregunta es, que tipo de impuestos se aplican, y si es solo a la comisión? (IVA, impuestos sobre la renta etc..) o a todo el dinero recibido? a pesar de que el resto no es beneficio.

Como puedo justificar, que la empresa solo se queda con la comisión (beneficio), y el resto se "guarda" (no se toca) y es enviado a otras personas en ciertos plazos.

Muchas gracias, quisiera un poco de orientación para este caso en concreto.

Si es una empresa, tendrá que llevar una contabilidad. Y creo que es un buen método para justificar ingresos de dinero:

Artículo 25.

1. Todo empresario deberá llevar una contabilidad ordenada, adecuada a la actividad de su empresa que permita un seguimiento cronológico de todas sus operaciones(...)

Fuente: Código de Comercio.

Saludos.

Comprendo, pero quizá no me llegué a expresar bien, poniendo de ejemplo empresas como "paypal" u otras de internet, que hacen de "intermediario", reciben dinero, se quedan con la comisión y el dinero restante (intacto) va a parar a un tercero. Mi pregunta es como se justifica eso, y si debe aplicarse o no impuestos fuera de la comisión. Ya que dichas empresas, no parecen hacerlo, unicamente a la comisión.

Gracias.

Creo que tienes un caso más cercano que "paypal". Me refiero a las transferencias bancarias. Si tu le dices al Banco de Santander que haga una transferencia para pagar una deuda de 100 euros y el banco te carga una comisión de 3 euros, su beneficio por la operación será el importe de la comisión. Y no creo que tenga problemas para justificar la operación.

Saludos.