No veo mucha complicacion en tu caso;
El piso que teneis intencion de vender,actualmente no es la vivienda habitual de ninguno de los dos(en base a la informacion que tu me facilitas).
La ley de Renta remarca que se considera vivienda habitual aquella edificacion que el contribuyente habite de forma efectiva por un periodo continuado de al menos tres años.
Por lo tanto,esa vivienda del pueblo para ti nunca ha sido tu vivienda habitual y para tu pareja lo fue,en su momento,pero en la actualidad no lo es,porque segun tu mismo me has comentado esta viviendo en el piso de proteccion oficial.
Por todo lo anteriormente expuesto,cuando vendais el piso del pueblo la ganancia patrimonial que obtengais,bajo ningun supuesto podra quedar sin tributar(no os podeis acoger a la reinversion de vivienda habitual,porque no es la vivienda habitual de ninguno de los dos);ademas en tu caso si te has estado deduciendo como vivienda habitual la casa del pueblo o compraste la misma con el saldo de una cuenta vivienda que previamente te habias estado deduciendo,deberias devolver la totalidad de las cantidades deducidas con los intereses de demora correspondientes,realizando las declaraciones complementarias correspondientes a cada uno de los ejercicios pasados en que te hubieras practicado indebidamente dichas deducciones.