Capitulaciones matrimoniales

Buenas tardes mi esposa y yo estamos en régimen de separación de bienes. Yo al cabo de 15 años abrí un negocio, y aunque en su día registré dichas capitulaciones en el registro civil, al ser autónomo he leído que debería estar registrado en el registro mercantil tanto yo como dichas capitulaciones matrimoniales. Que ocurre si solo están en registro civil, ya que en el registro mercantil tengo entendido que solo se puede registrar antes de dar comienzo a la actividad. 
El no registro de estas capitulaciones, que consecuencias tendría en caso de deuda o ante que tipo de deudas(privada o pública) no tendrían validez. 
Gracias de antemano.