Entrega intracomunitaria y venta en pais origen - Impuesto sobre el Valor Añadido (IVA)

Hay una empresa portuguesa de compra venta de maquinaria a la que voy a vender una maquina, supuestamente yo facturo sin IVA a la empresa de Portugal siempre y cuando la maquina viajara a Portugal. Pero la empresa portuguesa ha encontrado una fabrica en España que le interesa la maquina y la maquina no viaja a Portugal sino que se queda en otra provincia de España, la factura que hago de la empresa de Portugal a esta ultima empresa de España va tambien sin IVA?.