Regularización IRPF

Buenos días,

Tras un aumento salarial, en mi empresa me han regularizado el sueldo a partir de septiembre. El hecho es que el porcentaje que estoy pagando de IRPF es muy superior al que tendría que pagar por tablas de IRPF. No entiendo muy bien cómo funciona la regularización... ¿Al final debería pagar impuestos en función de mi nuevo sueldo, no? ¿Por qué pago más?

Gracias

por usar un ejemplo con datos totalmente ficticios de sueldos y porcentajes de retención:
suponte que tu sueldo a principio de años era 20.000 euros/año y le corresponde una retención de 12%, esto es 2.400 euros/año.
En septiembre te suben el sueldo el 10%, pasaría a ser 22.000 /año pero en lo que queda de año, están pendientes de pagar 22.000*(4/12) =  7.333, hasta agosto has cobrado 20.000*(8/12) = 13.333.
El total del año pasará a ser 20.666 y la empresa recalcula la retención en el nuevo escenario.
 Sale, por ejemplo, un 13% para ese total de 20.666, lo que daría una retención total de 13%* 20.666 = 2.686. 
Como hasta agosto te han retenido 1.600 euros, tienen que retener 1.086 en los 4 meses que quedan, lo que da 1.086/7.333 = 14,8% de retención. Esto es, te habían retenido "menos" hasta agosto (ya que no se conocía la subida) de lo que te correspondía finalmente con la subida, y luego te tienen que retener "más" para que cuadre con la nueva situación y así el porcentaje final sea el 13%.