Contrato de trabajo por sustitución

Mi  hijo que está en paro y siguiendo un curso de programación on-line, se ha presentado a una entrevista para un puesto de trabajo y lo han llamado, pero mi hijo no quiere abandonar el curso y ha negociado con la empresa para dedicar parte de la jornada es decir, de 9 a 14, cinco horas diarias y cinco días de la semana. Al ser este puesto de sustitución de una baja por maternidad, están obligados a que la nómina figure por la totalidad y se estudia la posibilidad de hacerlo así, lógicamente la empresa le pagaría a mi hijo el prorrateo en base a solo cinco horas, mientras que en la nómina figura el total de una mensualidad.

La pregunta es que tipo de retención deberán aplicar para el I,R.P.F. para que a mi hijo no le repercuta en su totalidad o existe otra fórmula dentro de la legalidad ?

Gracias.