Lo que dice INFORMA en la página web de la Agencia Tributaria:
=====================================
136885-DEDUCCIÓN POR AMORTIZACIÓN PRÉSTAMO VIVIENDA VENDIDA
Pregunta
¿Puede practicarse deducción por adquisición de vivienda un contribuyente que vende su vivienda habitual y cancela con el importe obtenido, el préstamo que solicitó para su compra?
Respuesta
No. Si el contribuyente amortiza el préstamo pendiente con el importe obtenido en la venta una vez transmitida la vivienda, no podrá aplicar la deducción por adquisición de vivienda, ya que a partir de dicha venta ya no está financiando su vivienda habitual. No obstante si la amortización del préstamo se realizase con anterioridad a la transmisión de la propiedad de la vivienda podría practicarse la deducción. En este caso, para que la ganancia patrimonial pueda considerarse totalmente exenta por reinversión, sería preciso aplicar el importe total de la venta a la compra de la nueva vivienda.
=====================================
Efectivamente puede que haya discrepancias. Pero lo que yo hubiese hecho es amortizar el día anterior a la venta 6.000 euros para evitar problemas.
Un saludo.