Primero verificar que dichos pagos del Convenio Especial de la SS.SS, se encuentran reflejados en los Datos Fiscales de tu esposa. Se accede a estos "Datos Fiscales" con la referencia fiscal con la que accedes a la Renta Web de presentacion de la Declaracion.
Si no estubieran reflejados, pedir a la SS.SS. un certificado de los pagos realizados en el 2016.
Para cumplimentar en la Renta Web la declaracion Conjunta tienes que disponer de las Referencias Fiscales de ambos conyuges. Se cumplimentan siempre de forma Individual - DECLARANTE y CONYUGE , el programa de Renta Web te realiza la CONJUNTA automaticamente con los datos cumplimentados en cada Individual ( Te pedira la referencia del conyuge).
Si estos pagos estan en los "Datos Fiscales" la Declaracion Individual del Conyuge lo tiene cumplimentado y no hace falta hacer nada , si no lo estan lo tienes que cumplimentar tu como Gasto en Actividades Economicas, con los datos del certificado de la SS.SS.
El programa cuando confecciona la CONJUNTA lo tendra en cuenta con los datos tuyos.
Saludos