Declaración venta de una vivienda heredada

Buenas tardes:
Necesitaría ayuda para realizar la declaración de la renta de un familiar pues tengo algunas dudas al respecto.
La cuestión es la siguiente:
En diciembre de 2013, se vendió una vivienda por valor de 77.000 euros. Dicha vivienda provenía de una herencia y la propiedad
correspondía a dos hermanos.
Los padres de estos dos hermanos, que habían adquirido la vivienda en gananciales, fallecieron en el año 1997 y en 2009 respectivamente.
Cuando falleció el padre en 1997, no hicieron liquidación de herencia y por lo tanto no declararon por el impuesto de sucesiones y donaciones absolutamente nada. Pasaron los años y prescribió la deuda tributaria.
Posteriormente, en el año 2009 falleció la madre, y en ese momento es cuando hicieron la correspondiente liquidación y pagaron por el impuesto de sucesiones y donaciones (realmente no pagaron nada por él, pues la deducción por ser familiares de la fallecida era mayor que la base imponible).
El valor que se le dio a la vivienda en las escrituras en el año 2009 fue de 100.000 euros, y en el impuesto de sucesiones y donaciones liquidaron por el 50% de ese valor (es decir, 50.000 euros, correspondiendo 25.000 a cada heredero). También se liquidó la parte correspondiente al padre, cuya base imponible fue 0,00 euros debido a que el fallecimiento se produjo en 1997 y no se hizo liquidación entonces por lo que se habría producido la prescripción.
He acudido a Hacienda para aclarar la situación, y ellos me dicen que el valor de adquisición de la vivienda debería de ser de 50.000 euros (25.000 para cada heredero) por no haberse liquidado nada más que la parte correspondiente a la madre que falleció en el año 2009 (50%.
Si es así, y hay que poner como valor de adquisición 25.000 euros (50% de 50.000) y como valor de transmisión 38.500 euros (50% para cada uno), se produciría una ganancia patrimonial de unos 3.000 euros.
Yo en cambio, pienso que esto no puede ser así, pues evidentemente de la parte del padre fallecido (50%), la vivienda tendría que tener un valor en el año 1997. También creo que no sería correcto poner como valor de la vivienda los 100.000 euros por los que se valoró en el año 2009 al producirse el fallecimiento de la madre.
Mi opinión sería que habría que poner dos elementos patrimoniales con la misma referencia catastral, el primero de ellos con fecha de adquisición de 1997 y ponerle como valor de adquisición el 50% del valor de mercado en ese año; el segundo con fecha de adquisición de 2009 y ponerle como valor de adquisición aquel por el que se liquidó en el impuesto de sucesiones (es decir 25.000 euros para cada heredero). Si esto fuese así, ¿para qué elemento patrimonial pondríamos el valor de transmisión o venta, para el primero, para el segundo o para los dos a partes iguales?
Agradecería que me pudieseis ayudar para resolver esta cuestión, pues no lo tengo nada claro, querría por lo tanto que me dijeseis, si se le puede dar una valoración a la vivienda en el año 1997, aun sin haber realizado liquidación por el impuesto de sucesiones y donaciones, o si bien tiene razón Hacienda y el valor de adquisición solamente puede ser por la parte liquidada en el año 2009.
¿Dónde puedo conocer con fiabilidad el valor de mercado de la vivienda? He acudido a una página de tasaciones de la Junta de Castilla y León, pues la vivienda es de esa Comunidad pero la fecha más cercana que me permite poner en la página web es la de 1 de enero de 2000.

Un saludo y gracias por vuestra atención, espero una respuesta lo más rápida posible y sobre todo que se haya entendido mi exposición.