Pagar te las pagarían al precio que las vendas, según su cotización en bolsa.
Otra cosa es como declarar las posibles plusvalías/minusvalías (ganancias/perdidas) en el IRPF del ejercicio en que realices la venta.
Como efectivamente hay que seguir el método FIFO para la venta de las acciones, hay que declarar tantas operaciones como fechas y precios de compra tengas en el paquete que vendes.
FIFO significa que primero se venden las primero compradas.
Ejemplo practico: Se tiene una cartera de SAN (Santander) con 3.000 acciones que se adquirieron de la forma siguiente:
21/11/2002...... 500 acciones a 7,40 euros... coste total 3.700 euros
11/06/2003...... 700 acciones a 7,20 euros... coste total 5.040 euros
26/09/2005......1.000 acciones a 6,10 euros... coste total 6.100 euros
03/02/2010...... 800 acciones a 5,60 euros... coste total 4.480 euros
Esta cartera de 3.000 acciones de SAN que me han costado 19.320 euros , las vendo el lunes próximo 31-03-2014 al precio de 6,90 euros/acción, cobrando 20.700 euros.
Aunque vendo todas en la misma operación y tengo una plusvalía(ganancia) de 1.380 euros, por la diferencia entre el valor de venta 20.700 euros y el de adquisición 19.320 euros, he de aplicar el Método FIFO y declarar los siguiente:
Venta de 500 acciones por 3.450 euros adquiridas por 3.700 , tengo una minusvalía (perdida) de 250 euros
Venta de 700 acciones por 4.830 euros adquiridas por 5.040 , tengo una minusvalía (perdida) de 210 euros
Venta de 1.000 acciones por 6.900 euros, adquiridas por 6.100, tengo una plusvalías (ganancia) de 800 euros
Venta de 800 acciones por 5.520 euros, adquiridas por 4.480 , tengo una plusvalía (ganancia) de 1.040 euros.
Saludos