Duda modelo 111

Tengo una duda sobre una liquidación del modelo 111 de una s.l.. Esta se presentó ante la Agencia Tributaria, pero llegó una notificación de la DIPUTACIÓN FORAL DE BIZKAIA. Los trabajadores de esa S.L. están inscritos en Bilbao y supuestamente esa liquidación se tendria que haber presentado en esa administración. Me dicen que le pida a la Agencia Tributaria que transfiera los fondos que cobró indebidamente a la Diputación Foral. El problema es que cada uno me dice una forma distinta de hacerlo y que aporte diferente información. Si alguien puede aclarame el procedimiento se lo agradecería.