Yo lo separara en dos comprobaciones antes de hacerlo:
1) Que la empresa o la gestoría confirme por escrito cómo va a reflejar el pago en la nómina (normalmente como retribución en especie o concepto equivalente) y qué retención corresponde.
2) Que el recibo de RETA siga identificado a tu nombre y que conserves el justificante y el acuerdo.
Evitaría que te lo ingresen aparte sin aparecer en nómina, porque luego puede descuadrar la retribución y los modelos. Revisa la primera nmina con ese concepto y, si no coincide, que lo aclare la asesoría laboral o fiscal.