Factura sustitutiva. - Autónomos

Hola buenas, recientemente acabo de empezar en el mundo de los autónomos y siempre sale alguna duda de algún lado. Esta vez me ha surgido a la hora de hacer la declaración trimestral. Hace unas semanas compré un equipo informático, hasta ahí todo bien, el problema es que ahora me di cuenta de que en dicha factura no constaba mi NIF, pedí una factura sustitutiva y me la entregaron a día 2 de abril. ¿Si quiero deducir el IVA tengo que contarlo para el primer trimestre o al entregarme la factura sustitutiva en abril ya cuenta para el segundo?

Muchas gracias de antemano y perdón si es una pregunta tonta o el tema está repetido.