Cobrar prestación por baja y seguir cobrando nómina - Autónomos

Hola!
Tengo una duda.. Yo soy autónomo societario (Poseo el 50% de una SL) y cobro una nómina por ello. Tuve un accidente no laboral, y por primera vez en mi vida tengo que estar de baja.. La pregunta es... Podría seguir cobrando mi nómina, por ser la empresa de mi propiedad, y cobrar también la baja? Que repercusiones podría tener? Nunca he estado de baja, y no se como funcionan estas cosas...

Gracias por vuestra ayuda.