Pues tienes un problema serio, se trata del artículo 16 del impuesto de sociedades, por el cual las transacciones entre partes vinculadas deben hacerse a precios de mercado, por lo tanto no podrías reducir el importe del alquiler ni pagar / compensar menores IVA'S .... lo que desconozco es si esto afecta a empresas pequeñas, creo que si, a ver si alguien lo confirma o desmiente .....
Si quieres una "chapuza" te la digo, pero es que es una "chapuza" del trece, totalmente legal ... tu facturas igual a la empresa, pero no le cobras, al cabo de un tiempo de unos meses le condonas la deuda mediante un documento de renuncia al cobro , la empresa lo considerará ingresos en el grupo contable 7, supongo que "ingresos extraordinarios" y tienes el problema contable de la empresa resuelto ¿dónde está la "chapuza"? pues que para ti como persona física o a través de la comunidad de bienes que tenéis para facturar el alquiler, cuyos rendimientos se traspasan por el sistema de "imputación de rentas" a vuestros IRPF'S particulares, este "regalo" no es deducible, se seguirán considerando ingresos, vamos que por vuestra parte pagaréis impuestos por unos alquileres que no cobraréis en la vida, y la empresa como no los va a pagar, se le han perdonado no los podrá deducir ..... de hecho "el regalo" par la empresa es como en un concurso de acreedores que se pacta una quita del 20% (por ejemplo) entonces fiscalmente esta condonación parcial de deuda se supone beneficios que deberían tributar, lo que suele ocurrir es que cuando hay concurso de afloran pérdidas por todos los lados, y estas quitas lo que hacen es compensarlas (en general).