En el caso que comentas y como Volkswagen Bank no permite dos titulares en un depósito, estarías cubierto con el FGD hasta 100k en uno o la suma de depósitos que tengas allí, y tu pareja igual, cubierta hasta 100k por los depósitos en la entidad.
Los 100k cubiertos por el FGD es por entidad y persona, por lo que lo cubre hasta esa cantidad tanto si lo tienes en el depósito como en la cuenta, pero como la cuenta sois dos titulares, si el dinero está ahí el límite son 200k
Ten en cuenta que el FGD cubre tanto el principal como los intereses, por lo que lo recomendable para no perder nada sería contratar el depósito como máximo por 97.560 euros, así aunque tuvieras que recurrir al FGD poco antes del vencimiento, recuperarías todo el capital e intereses íntegros.