La gran ventaja de Alexa no es sólo el bloqueador de pop-ups ya que cada vez hay más utilidades (como la barra de Google, que también tengo instalada, o la de Yahoo) o programas anti-virus que lo incorporan.
La principal utilidad, en mi opinión, es poder ver la importancia que tiene un sitio web que no conoces por el número de visitantes y páginas vistas (similar a la información sobre la importancia de una web que te facilita el PageRank de Google, aunque con una metodología completamente distinta) y los enlaces relacionados con ese sitio que te ofrece.
Que yo sepa, es el único sistema de medición mundial del tráfico de las webs que existe, a pesar de los sesgos que tiene (por ejemplo, no se puede instalar en navegadores que no sean IExplorer y con el sist. operativo Windows, un fallo que espero subsanen en el futuro), como les ocurre a todos los sistemas de medición de audiencias.
La primera barra de Alexa.com fue publicada en 1997 y desde entonces se ha descargado más de 10 millones de veces, lo que permite que sus resultados sean relevantes para los sitios de mayor tráfico a nivel mundial (por debajo del número 100.000 como mínimo).
Respecto a si Alexa es una forma de spyware he de decir que en mi opinión NO lo es. Claro, siempre que entendamos por "Spyware" la definición oficial: un software oculto que es instalado en tu ordenador sin tu conocimiento. Suele utilizarse para obtener informacion personal con objetivos publicitarios y no te da nada útil a cambio (ver definición de "spyware" en: http://www.webopedia.com/TERM/s/spyware.html).
La barra de Alexa.com sólo se puede instalar descargándola de forma voluntaria y con pleno conocimiento del usuario. No está oculta porque te aparece en la barra de herramientas del navegador y la informacion que obtiene la agrega de forma anónima. Más sobre el tema explicado por la propia Alexa:
http://pages.alexa.com/exec/faqsidos/help/index.html?index=74
Y en la Guía de Spyware dejan claro que "At this time, we do NOT consider this program to be a form of "spyware" (http://www.spywareguide.com/product_show.php?id=418)