Si al final has aceptado el pago de esos recibos, son conformes porque efectivamente los tenías que pagar ya que tenías esa deuda (por lo que fuera), no veo que te tengan que devolver esa comisión. Solo cabría que por ser tu un buen cliente y en atención a ello lo hicieran. No lo harían por otro motivo.
Si el cargo de esos recibos es no conforme, es decir, no debes nada a nadie y quién te gira esos recibos no posee ningún derecho de pago ante ti, puedes solicitar la devolución de esos recibos, justificándolo, hasta un plazo de 6 meses o más . Esto se hace por un proceso especial. Por esta razón podías solicitar después al banco la retrocesion de la comisión de descubierto.
Lo que no tiene mucha justificación es que aceptes finalmente el pago de esos recibos (aunque fuesen devueltos en anteriores ocasiones) y a la vez exijas la devolucion de la comisión de descubierto originado por los cargos en cuenta.
Los traspasos entre tus cuentas por parte del banco son perfectamente legales.
Bueno, esto es como lo veo desde el otro lado de la barrera.