Las comisiones de administración o custodia de valores que la sociedad, agencia o banco donde esté abierta la cuenta de valores girará al inversor suele oscilar entre el 0,15% y el 0,25% anual sobre el nominal de los valores custodiados, aunque son libres. Suele cobrarse por trimestre anticipado, y se devenga por la posición en valores y por la entrada de nuevos títulos.
No es fácil comparar las comisiones de custodia de las distintas entidades financieras. Algunas cobran los gastos de custodia sobre el valor nominal de las acciones, otras sobre el valor efectivo de los títulos y otras cobran un mínimo por valor o por mercado.